L’équipe est organisée en trois pôles.

 Le pôle « direction et conservation » assure les fonctions scientifiques et de gestion : direction du musée, documentation et administration.
 Le pôle « action culturelle », qui accompagne les publics dans leur découverte du musée, comprend les manifestations, l’action pédagogique et la communication.
 Au sein du pôle « exploitation » du musée sont réunis la technique, la sécurité, l’accueil des visiteurs et la boutique.